上海医药工业研究院创建于1957年，曾隶属于化工部、国家医药局、国家药监局，2000年10月转制为企业，是国务院国资委监管的中央企业中唯一的医药科研院所。

　　根据国务院国资委确定的发展规划，上海医药工业研究院作为应用型科研院所，将在自我培育做强做赢的基础上，为行业技术创新提供广泛服务，重点从事创新类药物及工艺的研发和开发。

　　目前上海医工院控股两家公司，分别是上海现代制药股份有限公司，上海现代药物制剂工程研究中心有限公司。其中，上海现代制药股份有限公司于2004年6月上市融资，2006年完成股改，2007年进入上海市工业企业500强、中国制药企业100强名单，部分产品已经占据了大部分国内市场份额。

　　上海医工院科研机构设置及科研方向涵盖了整个药学领域，现有科研部门6个，国家级中心、国家重点实验室5个。先后研究成功溶血栓药物“高纯度尿激酶”、抗肿瘤抗生素“阿霉素”、一类新药“呋喃丙胺”“头孢硫脒”“胶原酶”等一系列创新性成果，有力推动了我国医药工业的升级换代，改变了对国外相关药物的进口依赖。2005年以来，上海医工院连续4年获得多项国家技术发明奖、科技进步奖，获奖数量在国内医药类科研院所、医药企业中位居前列。目前，沪深股市医药板块中30余家上市公司中都有医工院输出的成果作为主要产品。

　　自2000年2月起，与上海交通大学共建“上海交大药学院”，目前已是国家药学类一级学科单位，拥有博士点5个，硕士点7个，博士后流动站1个，先后为国内医药工业界培养博士、硕士500余人，学院在2004年全国药学院评估排序中已居第6位，成为医药行业科研人才的重要聚集地和输出源之一。

　　目前，上海医工院在职职工2788人，其中，中国工程院院士2人，享受国务院特殊津贴专家57人；博士、硕士172人；中级职称以上专业技术人员432人。